MAN 1 Gunungkidul lahir dilatarbelakangi oleh berbagai keprihatinan yang dialami masyarakat Gunungkidul yang terkenal daerah minus dan terjadinya pemberontakan PKI di Tahun 1965, serta di dorong oleh kemauan mensyiarkan Islam lewat pendidikan, maka para tokoh NU Cabang Gunungkidul mendirikan sejumlah madrasah atau sekolah. Madrasah yang didirikan diantaranya adalah SMPNU di Kepek Wonosari. Usaha itu mendapat dukungan dari pemerintah Kabupaten Gunungkidul (ketika itu Bupati dijabat oleh Bapak KRT Joyodiningrat, BA (Alm)), berupa surat rekomendasi dengan tema menanggulangi bangkitnya PKI di Gunungkidul. Berkat rahmat Allah SWT dan sejalan dengan kemajuan zaman, sekolah itu di Negerikan oleh pemerintah RI, dalam hal ini Departemen Agama pada tahun 1968-1970. SMPNU Kepek wonosari menjadi PGA Ma�arif kemudian di negerikan dan berubah nama menjadi PGAN 4 Tahun Wonosari.
Pada Tahun 1970, PGAN 4 Tahun Wonosari dikembangkan menjadi PGAN 6 Tahun Wonosari. Sejalan dengan kebijakan Departemen Agama dalam bidang pendidikan yang membatasi jumlah PGAN, maka PGAN 6 Tahun Wonosari dipecah menjadi dua lembaga menjadi Madrasah Tsanawiyah Wonosari dan Madrasah Aliyah Negeri Wonosari. Sehingga keberadaan MAN Wonosari dari tahun 1981 � 2007 sudah berusia 26 Tahun. Tahun 2017 MAN Wonosari berubah menjadi MAN 1 Gunungkidul sampai sekarang, yang merupakan Lembaga Pendidikan tingkat SMA yang berciri khas Islam, tetap menjaga kualitas dan mutu pendidikan agar tetap bersaing dengan sekolah lain. Untuk mempersiapkan MAN 1 Gunungkidul menjadi rintisan madrasah plus ketrampilan, maka sejak tahun 2020 MAN 1 Gunungkidul mempersiapkan SDM dan sarana prasarana yang dibutuhkan.
MAN 1 Gunungkidul yang merupakan institusi negeri/pemerintah maka kewenangan pergantian kepala madrasah ditentukan oleh Kantor Wilayah Kementerian Agama Daerah Istimewa Yogyakarta, Hal tersebut dikarenakan MAN 1 Gunungkidul secara hirarki merupakan binaan Kantor Wilayah Kementerian AgamaDaerah Istimewa Yogyakarta. Pergantian kepala madrasah disebabkan oleh berbagai hal, diantaranya dikarenakan kepala madrasah masuk masa pensiun, penilaian kinerja kepala madrasah dan prestasi madrasah.