MAN 1 Gunungkidul memiliki laboratorium IPA yang terdiri atas Laboratorium Kimia dan Laboratorium Biologi. Laboratorium IPA ini terletak di gedung terpadu lantai pertama.
Jl. Sunan Ampel 68 Trimulyo II Kepek Wonosari Gunungkidul Yogyakarta 55813man1gunungkidul@gmail.com