MAN 1 Gunungkidul memiliki laboratorium Komputer yang terbagi dalam 3 ruangan yaitu Laboratorium Komputer Selatan yang terletak di gedung timur lantai 1. Sedangkan 2 ruangan yang lain terletak di gedung baru lantai 2.
Lab Komputer Barat Lantai 2Lab Komputer Barat Lantai 2Lab Komputer Selatan Lantai 1Lab Komputer Selatan Lantai 1